Ce film nous fait découvrir les origines du plus rebelle des héros Marvel et son histoire avant les événements de la trilogie X-Men. Hugh Jackman reprend son rôle fétiche de héros au pouvoir de régénération convoité par l'armée, et impitoyable jusqu'au bout des griffes. Après avoir intégré le programme militaire "Weapon X" qui transforme les mutants en armes vivantes, Wolverine n'a de cesse de retrouver ceux qui ont tué son père et la femme qu'il a aimée...

Sept ans après X-Men : l'affrontement final, Logan, l'éternel guerrier marginal, se rend au Japon. Là-bas, ses griffes en adamantium se heurteront à l'acier des samouraïs. Vulnérable pour la première fois et poussé à des limites émotionnelles, il affronte non seulement l'acier mortel des samouraïs, mais aussi le combat intérieur contre sa propre immortalité. Logan sera confrontée à une figure mystérieuse de son passé, dans une bataille épique qui le changera...