Pour savoir si sa réalité est une construction physique ou mentale, M. Anderson, alias Neo, devra choisir de suivre une fois de plus le lapin blanc. S'il a appris quelque chose, c'est que ce choix, bien qu'illusion, reste le seul moyen de sortir de la Matrice ou d'y entrer. Neo sait déjà ce qu'il doit faire, mais ce qu'il ne sait pas encore, c'est que la Matrice est plus forte, plus sûre et bien plus dangereuse que jamais...

Née sous un ciel étoilé, Jupiter Jones est promise à un destin hors du commun. Devenue adulte, elle a la tête dans les étoiles, mais enchaîne les coups durs et n'a d'autre perspective que de gagner sa vie en nettoyant des toilettes. Ce n'est que lorsque Caine, ancien chasseur militaire génétiquement modifié, débarque sur Terre pour retrouver sa trace que Jupiter commence à entrevoir le destin qui l'attend depuis toujours : grâce à son empreinte génétique, elle doi...

À travers une histoire qui se déroule sur cinq siècles dans plusieurs espaces-temps, des êtres se croisent et se retrouvent d'une vie à l'autre, naissant et renaissant successivement… Tandis que leurs décisions ont des conséquences sur leur parcours, dans le passé, le présent et l'avenir lointain, un tueur devient un héros et un seul acte de générosité suffit à entraîner des répercussions pendant plusieurs siècles et à provoquer une révolution. Tout, absolument tout, est lié.