Kermit et tous les artistes du Muppet Show doivent se rendre à l'évidence : Gonzo déprime. Installés dans une grande maison, ils assistent impuissants à ses angoisses. Gonzo ignore tout de ses origines. Personne ne parvient plus à le faire rire. Aussi, lorsque Peggy annonce dans son émission de télévision la découverte de mystérieux messages extraterrestres, Gonzo est persuadé qu'ils lui sont destinés. Il part alors à la découverte de ses origines, mais c’est sans compter sur la très secrèt...

Le jeune Jim Hawkins a été recueilli à la mort de ses parents par la vulgaire aubergiste Mme Bluveridge. Le pirate Billy Bones lui remet avant d'être assassiné la carte du trésor caché du capitaine Flint. Après avoir échappé à son tour à une horde de tueurs, Jim, accompagné de Gonzo et de Rizzo le rat, parvient à convaincre le stupide Squire Trelawney (joué par l'ours Fozzie) d'affréter un navire, l'Hispaniola, afin de partir à la recherche du trésor. Le navire est dirigé par le capitain...